chore(gemini): обновлена конфигурация из JSON в TOML

- Зачем:
  - формат TOML более читабелен и удобен для редактирования.
- Что:
  - удалён файл settings.json.
  - добавлен builtin-readonly.toml.
  - добавлен readonly-commands.toml.
- Проверка:
  - проверка структуры новой конфигурации.

gemini/.gemini/builtin-readonly.toml

@@ -0,0 +1,28 @@
+# ==========================================
+# BUILT-IN READ-ONLY TOOLS
+# ==========================================
+
+[[rule]]
+toolName = "read_file"
+decision = "allow"
+priority = 100
+
+[[rule]]
+toolName = "read_many_files"
+decision = "allow"
+priority = 100
+
+[[rule]]
+toolName = "list_directory"
+decision = "allow"
+priority = 100
+
+[[rule]]
+toolName = "search_file_content"
+decision = "allow"
+priority = 100
+
+[[rule]]
+toolName = "glob"
+decision = "allow"
+priority = 100